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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已屏幕上显示出多的生物技术活力性，包涵抗淋巴肿瘤和抵抗疾病毒用处。平常，三萜是依据甲羟戊酸方法组成的，并从先天常绿植物和念珠菌中分离出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊发了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的深入分析整形论文。该深入分析会发现三萜类类化合物野生野生灵芝酸（GA）是借助流体培養的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的动物流量转化发生的。凭借转录组和血清质组学技木进1步探索世界无柄野生野生灵芝菌丝体中DHT发生不同野生野生灵芝酸（GA）的共识机制，并可根据多个学技木验测到的一定的一定的差异人类基因和一定的一定的差异血清，猜测DHT 动物生成 GA 的经由。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和功用种类

确认对无柄虫草白色念珠菌菌丝体采取转录组测序共收获67230个转录本和14295个单人类什么是染色体。在哪些单人类什么是染色体中，49两个被亲子鉴定为不同之处抒发人类什么是染色体（DEGs），另外213个抒发上涨，279个抒发再降（图1A）。GO含有研究研究分析后，DEGs可分为生物制品步骤（BP）、上皮神经元组成成分（CC）和氧分子基本功能（MF）3类。在BP门类中，现身了前三种子门类：抗菌素降解分解消化吸收步骤，乙酸盐分解消化吸收步骤和甲酸盐分解消化吸收步骤;而在CC门类中，上皮神经元外区、突触组合体、突触设计是前三种亚类。针对于MF门类，甲酸脱氢酶（NAD）化学活化、氧化的重置酶化学活化和酸氨（或酰胺）接酶化学活化是前三种亚门类（图1B）。在DEGs的KEGG通道研究研究分析中，前30条含有度更高的通道中含27条算是分解消化吸收，另外丁烷分解消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐分解消化吸收、丙酸盐分解消化吸收预警通道有效含有（图1D）。

图1|转录多组分析和实用功能总类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

能够对无柄虫草细菌菌丝体开展蛋清质组学开展开展研究，一共确认了16,457种独具特色肽、2606种蛋清质和2588种定量开展研究蛋清质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的选择必要条件下，在2606种蛋清质中，94种被监定为距离表明蛋清（DEPs），各举52种调整，42种下跌（图2A），图2C呈现了距离表明蛋清的聚类开展研究法开展开展研究热图。从GO开展开展研究来看看，BP品类呈现，多半数DEPs直接参与醋酸钠盐消化吸收流程、抗菌药研究消化吸收流程和性药物研究消化吸收流程。CC类DEPs在血组织神经細胞外区、过被氧化的物酶体和微体中总量非常高，被氧化的恢复酶化学活化酶和甲酸脱氢酶（NAD）化学活化酶在MF类中DEPs的基数非常高（图2B）。与转录组结论形似，KEGG环路开展开展研究呈现，很多的DEPs在消化吸收中生态学生态学富集，各举3条最生态学生态学富集的条件是光合生态学中的碳统一、碳消化吸收和MAPK无线信号环路（图2D）。还有，能够开展开展研究GO参数库的CC对DEPs开展亚血组织神经細胞精确定位开展开展研究和参考文献标注（图2E），DEPs常见分布图在血组织神经細胞质（40.66%）、血组织神经細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），学说上是GAs生态学炼制的常见选址。

图2|血清质组的降钙素原检测具体分析和模块验正

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物转成和比对组侯选人DEGs和DEPs生产制作了维恩图，有20个的差异展现dna遗传（图3A）。对转录组和营养素酶质组中E组和C组总计有的DEGs/DEPs做聚类研究研究，挖掘mRNA和营养素酶质彼此有13个调涨dna遗传和3个下跌dna遗传，DEGs各自译员的DEPs展现水准呈正有关系，源于Pearson的有关系指数研究，在转录组和营养素酶质组彼此检测工具到比较高的有关系性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）加测后果凸显，E组和C组14个DEGs的形容平均水平差距相关系数，在其中9个为上浮DEGs，4个为下跌DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的形容市场需求与转录混合物析后果相符。

图3|蛋清质组的酶联免疫法阐述和能力验证通过

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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